创圣纪0011年的地球，由于11年前的大异变，人类丧失了2/3的人口。 　　南极冰山溶化，1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世，拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市，捕获人类，摄取生体能源「Purana」。 　　另一方面，人类决心反击，从海底遗迹发掘岀三台组合（hybrid）战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前，将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体，「机械天使Aquarion」即将现身。 　　要启动Aquarion，需要能与机体的机械生命感应和共鸣，称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂，因此十五岁左右的少年少女们被选为机师，集中起来。 　　而后，「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…

分隔在两个世界的爱力克兄弟二人，使用各自的手段尝试着兄弟再会。　　哥哥爱德华穿过“门”来到真实世界。公元1923年的德国慕尼黑，一场世界大战即将到来。无法在这个世界使用炼金术的爱德华，与长相酷似弟弟的青年爱尔凡斯一起研究火箭的科技，希望借助火箭回到原来的世界。另一边的炼金术世界，弟弟阿尔冯斯修行炼金术，打扮宛若曾经的爱德华，与国家炼金术士们一起寻找找回哥哥的方法。　　而暗地中，慕尼黑的一个神秘组织开始了寻找理想国“香巴拉”的仪式，连接炼金术世界与现实世界的“门”被打开了。　　兄弟二人的命运与两个世界的危机交织在一起，爱力克兄弟要面对前所未有的挑战。

圣诞夜，退役自行车选手Gin，性倒错者花，离家出走的少女美由纪三人在东京的雪夜中无所事事。这时，他们发现垃圾堆中有一位哭泣的弃婴。孩子的襁褓中仅有一个酒吧的名片与照片。婴儿的父母身份成了谜团。 花想收留孩子，并将孩子取名清子。但另外2人表示反对。于是三人开始了寻找清子父母的旅程。圣诞夜幸福的气氛，伴随的却是怀中清子的哭泣。无家可归的三个人，开始为同样无家可归的清子找寻属于她的家。这一队流浪者，在一夜经历了诸多奇妙的事件。他们能找到清子的父母吗？

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做数码宝贝的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……

1999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水；美国则遇到有史以来最寒冷的冬天。 　　11岁的少年八神太一（藤田淑子 配音），和伙伴石田大和（风间勇刀 配音）、武之内空（水谷优子 配音）、泉光子郎（天神有海 配音）、太刀川美美（前田爱 配音）、城户丈（菊池正美 配音）、高石武（小西寛子 配音）一起参加了夏令营，一次意外却被神秘地送到了一个多彩的数码世界。在那里，他们得到了叫做“数码宝贝”的搭档。进入数码世界后，八神太一一行人遇到了凶恶的怪兽贝壳兽，眼看大家都要被抓住的时候，太一的亚古兽忽然进化成为暴龙兽，拯救了他们。进化到底是怎么回事情？数码世界究竟是什么？无数的谜团出现在被召选的小朋友们面前，精彩的冒险就这样开始了……

故事开始于四百多年前的日本战国时代。阳炎（三石琴乃 配音）将自己的儿子烈火（冈野浩介 配音）传送到了现代，和烈火一起穿越时空的还有他同父异母的哥哥红丽（置鲇龙太郎 配音）。之后，遭到了诅咒的阳炎就一直在寻找自己的孩子。如今的烈火是一名十六岁的高中生，唯一与众不同的地方就是他能从手心处燃起火焰而不被灼伤。 　　一次偶然中，烈火邂逅了名为佐古下柳（增田由纪 配音）的女孩，柳和烈火一样异于常人，她拥有能够治愈伤口的超能力。就这样，烈火成为了对柳忠心耿耿的忍者，这让一直默默喜欢着烈火的雾泽风子（平松晶子 配音）感到十分不快，风子内心的黑暗情绪让她成为了影法师的傀儡，站到了烈火的对立面。