在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 　　数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……

第四季终于进入美国篇，为了成为美国职业棒球手的吾郎只身前往美国。他刚一下飞机就遇到了小麻烦，一位名叫八木沼隼人的大学生帮助了他。八木和吾郎一样立志成为职业棒球手，于是两人便一同参加专业团体sammons的入团考试…… 　　吾郎的前进途中可谓困难重重，站上3A投手板的他，不得不与某个命中注定相遇的打手对峙。打手名为乔·吉普森·朱尼尔，正是那个“吉普森·朱尼尔”的儿子，不知为何，他莫名的憎恨着吾郎。这究竟是为何？ 　　第四季中，成为职业球手的寿也和眉村、升入大学后依然继续打棒球的小森、继任圣秀野球部队长的清水大河，以及吾郎的对手和队友都将登场。大家敬请期待！

在大冒险01三年后，本宫大辅、井上京、火田伊织、一乘寺贤四个小朋友、与及01中拯救数码世界的八位小朋友一起进入数码世界进行冒险。